Kelembagaan merupakan salah satu faktor yang menjamin keberlangsungan suatu organisasi, salah satunya adalah kelompok tani. Jika diterapkan dengan baik, kebun kopi dapat memulihkan perekonomian masyarakat dan juga kondisi tanah. Dengan demikian, kondisi fungsi hutan yang membaik ini akan menghasilkan manfaat publik (public net benefit) yang relatif meningkat. Dalam jangka pendek dengan meningkatnya fungsi konservasi atau ekologis, fungsi ekonomi juga akan terus meningkat. Pannell et al (2006) mengembangkan instrumen kebijakan yang dapat dipilih untuk mengatasi perubahan manfaat bersih privat dan publik menjadi 5 jenis, yaitu insentif positif, insentif negatif (disinsentif), penyuluhan (extension), pengembangan teknologi, dan no action.
Kerangka Pendekatan untuk memilih instrumen pendanaan berdasarkan manfaat bersih publik dan manfaat bersih private untuk pengembangna program pro lingkungan (Sumber: Pannell, 2006)
Insentif positif adalah instrumen pendanaan yang bertujuan untuk mengubah kondisi status quo praktek penggunaan lahan yang tidak pro lingkungan menjadi menguntungkan secara ekologis. Instrumen ini diterapkan jika program yang dijalankan menghasilkan manfaat bersih publik yang tinggi tetapi berakibat pada manfaat bersih privat yang menurun. Pada kondisi di mana manfaat bersih publik tidak terlalu tinggi dan manfaat private juga rendah, maka instrument yang digunakan adalah pengembangan teknologi yang dapat meningkatkan produktifitas lahan (technology development). Sedangkan instrumen untuk menghambat praktek penggunaan lahan yang baik menjadi tidak ramah lingkungan dan hanya memberikan manfaat bersih privat yang tinggi disebut dengan insentif negatif (disinsentif). Jika sebuah program menghasilkan manfaat bersih publik yang tinggi dan juga manfaat bersih privat yang tinggi, maka dapat digunakan instrument extension (penyuluhan) termasuk di dalamnya alih fungsi teknologi, pelatihan, pendidikan dan peningkatan kesadaran lingkungan lainnya. Instrumen ini diterapkan jika program yang akan diadopsi punya daya tarik yang tinggi, terutama keuntungan ekonomi dan ekologis dan relative mudah diujicobakan. Berdasarkan kerangka tersebut, program SJB ini dapat diterapkan dengan mengadopsi bauran instrumen insentif positif, pengembangan teknologi yang mampu meningkatkan produktifitas lahan (technology development), dan penyuluhan (extension).
Terdapat tiga strategi kelembagaan yang diusulkan, yaitu:
- Memperkuat peran masyarakat dan industri kopi dalam melakukan konsolidasi sumber daya hutan dan percepatan proses penjualan di pasar.
- Memperkuat peran desa dalam mengembangkan tata ruang desa berkelanjutan sebagai upaya dalam pembagian peran tanaman kopi dengan tanaman lain.
Mendorong skema-skema Public-Private Partnership antara perusahaan – perusahaan kopi dengan pemerintah dan masyarakat untuk mendukung Implementasi tanaman kopi sebagai penunjang ekonomi dan ekologi.